Налоговый орган вправе приостановить течение срока давности.

Если компания, в отношении которой проводится выездная проверка, оказывает всевозможные препятствия (для инспекторов закрыт вход на территорию, отсутствие документов и т.п.), то в таком случае течение срока давности приостанавливается, составляется акт (п.3 ст.91 НК РФ)

И как только организация прекращает свое противодействие, то налоговым органом выносится решение о возобновлении проверки.